Основной целью Института является содействие обеспечению экологически устойчивого социально-экономического развития страны в условиях изменения климата, сохранение окружающей среды и обеспечение экологической безопасности Кыргызстана через распространение и передачу современных технологий в различные отрасли народного хозяйства страны, разработку и реализацию адаптационных проектов и механизмов развития.

Для достижения поставленной   цели  Институт  осуществляет деятельность по следующим направлениям:

- содействие выполнению обязательств Кыргызской Республики по рамочной конвенции ООН по изменению климата, в том числе:

- содействие демонстрации, внедрению и передаче инновационных низкоуглеродных технологий, преобразованию рынка для повышения энергоэффективности в промышленности и строительном секторе

- привлечение инвестирования в возобновляемую энергетику

- продвижение энергоэффективных и низкоуглеродных технологий в транспорт и городские системы управления движением

- содействие консервации и увеличению запаса углерода путем устойчивого землепользования, изменений в землепользовании и лесного хозяйства

- исследование и создание национальной базы данных о состоянии озонового слоя, парниковых газов, ультрафиолетовой радиации, водных экосистем и ледников, контроль качества подземных и поверхностных водных ресурсов

-  cоздание  регистров  выбросов  и переноса  загрязняющих  веществ

- прогноз и оценка сценариев изменения поверхностного стока воды для Кыргызстана с учетом ожидаемого глобального изменения климата

- создание мониторинговой сети по изучению влияния изменения климата на биоразнообразие для сбора, оценки и обмена имеющейся информацией о последствиях изменения климата

- проведение комплекса работ по поддержанию биологического разнообразия лесов, включающие меры по их сохранению, восстановлению и адаптации к изменению климата

- наращивание потенциала особо охраняемых природных территорий (ООПТ) в целях стабильного функционирования сети ООПТ, способных противостоять и адаптироваться к изменениям климата

- снижение зависимости местного населения от природных ресурсов и угроз для биоразнообразия через реализацию адаптационных механизмов социально-экономического развития и более эффективное самоуправление,  сохранение комплекса агро-экосистемных услуг

- сокращение нагрузок на природные ресурсы от конкурирующих видов землепользования, наращивание потенциала по применению адаптивных инструментов по устойчивому управлению земель, восстановление комплекса полезащитных, противоэрозионных насаждений на сельскохозяйственных землях

- сокращение нагрузок на лесные ресурсы и обеспечение устойчивости комплекса лесных экосистемных услуг, лесовосстановление и стимулирование облесения с целью восстановления и сохранения площади речных водосборов, улучшения водного режима территорий

- развитие и внедрение экологически безопасных методов борьбы с вредителями леса

- решение других глобальных, региональных, национальных и локальных экологических проблем, создание благоприятного инвестиционного климата для реализации экологических проектов;

- участие в ассоциациях, фондах, организационных и тематических структурах, в финансировании, в различных формах, проектов и мероприятий, если это соответствует цели и направлениям деятельности Института;

- привлечение  финансовых ресурсов из разных национальных, зарубежных и международных источников в различных его формах для  функционирования в соответствие с целью и направлениями деятельности Института;

- участие в разработке нормативно-правовых документов по охране окружающей среды в соответствие с международными нормами и национальным законодательством;

- непосредственная организация и выполнение научно-методических, и исследовательских работ по решению глобальных, региональных и национальных экологических проблем;

- организация и проведение конференций, семинаров, выставок, презентаций, социологических исследований, участие в международном информационном обмене;

- организация обучения кадров, обмена опытом, стажировок, курсов повышения квалификации специалистов по тематике, определенной целью Института;

- создание и реализация программно-информационных продуктов;

- осуществление консалтинговой деятельности, в том числе в научно- производственной сфере;

- организация и проведение исследований, подготовка рекомендаций по производству и внедрению передовых энергосберегающих технологий, в том числе национальных;

- оказание финансовой и иной помощи юридическим лицам и гражданам, участвующим в реализации проектов, инициатив и программ, соответствующих цели и направлениям деятельности Института.